سال ۲۱۹۹ میلادی. یاماتو سعی دارد که کهکشان ابر بزرگ ماژلانی را ترک کند، پس از دریافت "سیستم معکوس کازمو" در مقصد خود، ایزکاندر. اما ناگهان، در لبه کهکشان ابر بزرگ ماژلانی با یک گروه مرموز مواجه می‌شود. خدمه متوجه می‌شوند که این گروه "گاتلانتس" نام دارد و رهبر آن فرمانده نیروی اکتشافی گوتابا است که خود را "گوران داگامو از رعد و برق" می‌نامد. فرمانده خواستار تسلیم یاماتو به او می‌شود. یاماتو، که می‌خواهد به زمین برود، از درگیری فرار می‌کند. اما یاماتو مورد حمله یک سلاح پرتو ویرانگر به نام "توپ حمله مستقیم شعله" قرار می‌گیرد که می‌تواند از فضا عبور کند.